Riskerna med mikrotranspondern inkluderar följande:
- Negativ vävnadsreaktion
- Migration av transpondern
- Fel på mikrotranspondern så att den inte fungerar korrekt
- Fel som beror på den som satt in transpondern
- Fel på den elektroniska skannern
- Elektromagnetisk störning
- Elektrisk fara
- MRI-störning
Dessa risker har mildrats genom fastställande av vissa testkrav från FDA för den här utrustningen, inklusive kravet att genomföra en testning av biokompatibiliteten, migrationstestning, testning av elektrisk säkerhet och MRI-kompatibilitet.